システムエンジニアの仕事とプログラミング言語とは互いに密接な関係があり、ソフトウェア開発のための言語を駆使して開発を進めていく。このプログラミングに用いる言葉は、人間が普段使用している自然言語とは大きなギャップがある。

特に大きな違いとして表れるのは、わずか一文字の違いだけで大きなシステムがダウンする可能性もある点に見られる。重要なコンピューターシステムが停止し、その原因がプログラム内の些細な入力ミスだったという事例も珍しくはない。そのためシステムエンジニアはプログラミング内に存在する可能性がある些細なミスに対し神経をとがらせている。細心の注意を払って開発したソフトウェアでも、実際にプログラムを実行してみると入力ミスによるトラブルは多く悩みのタネである。システムエンジニアが思い描いている理想的なプログラムと、実際の開発現場での実情には大きなギャップが生まれる。

開発中には開発支援用のソフトウェアを使用するため、多少の入力ミスはカバーができる。それでも開発用ソフトウェアによるサポートは完全ではなく、見落としがあってそれがプログラムの動作の不具合をもたらす事もある。ソフトウェア開発の仕事でこのようなトラブルを避けるためには、些細な事でも見落とさない注意力が開発中に欠かせない。また複数のスタッフでプログラムしたコードのダブルチェックを行うなど、ミスをなくすための対策を開発現場では必要とする。